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## Analysis of the fixed effects model
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# Set the working directory
setwd("C:/DATA/Dropbox/STA305/WEEK4/TEST")
etch.rate confint(etch.rate.aov)
2.5 % 97.5 %
(Intercept) 533.88153 568.51847
RF180 11.70798 60.69202
RF200 49.70798 98.69202
RF220 131.30798 180.29202
as.numeric(grp.means[4]-grp.means[1])+c(-1,1)*qt(.975,16)*sqrt(2*MSe/5)
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## Model checking
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opar <- par(mfrow=c(2,2),cex=.8)
plot(etch.rate.aov)
par(opar)
require(car)
durbin.watson(etch.rate.aov)
bartlett.test(rate~RF,data=etch.rate)
levene.test(etch.rate.aov)
shapiro.test(etch.rate$rate[etch.rate$RF==160])
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## Comparison among treatment means
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pairwise.t.test(etch.rate$rate,etch.rate$RF,p.adjust.method="bonferroni")
pairwise.t.test(etch.rate$rate,etch.rate$RF,p.adjust.method="hochberg")
TukeyHSD(etch.rate.aov)
plot(TukeyHSD(etch.rate.aov),las=1)
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